Почему разработка на заказ — это не «сделайте как у всех, только дёшево»
Готовые тест-системы закрывают восемьдесят процентов рутинных задач. Но оставшиеся двадцать — это именно те случаи, где готового продукта на рынке либо нет, либо он не подходит по параметрам. Вы работаете с нетипичной матрицей, которая ингибирует стандартную реакционную смесь. Вам нужно детектировать не тот участок генома, который выбрал производитель готового набора, а другой, потому что ваш штамм в этом локусе мутировал. Вы генотипируете не человека и не курицу, а осетра, сою или возбудителя редкой микобактериальной инфекции, для которого коммерческих наборов не существует в природе. Вы хотите мультиплекс на пять мишеней в одной лунке, потому что считаете каждый рубль на реакцию. Во всех этих случаях нужно не покупать, а заказывать.
Раздел «Услуги» собран именно под такие входящие запросы. Мы не продаём воздух и не обещаем «уникальную разработку за три дня». Мы делаем то, что умеем: подбираем праймеры, синтезируем олигонуклеотиды с нужными модификациями, собираем реакционную смесь, валидируем её на реальных образцах заказчика и отдаём готовый набор с протоколом. Сроки зависят от сложности. Простой SNP-набор на две аллели можно сделать быстро. Мультиплексная система на пять патогенов с дифференциацией по каналам — дольше. Но в любом случае заказчик получает не концепцию, а коробку, которую можно ставить в работу на следующий день после получения.
Что именно мы делаем
Разработка диагностических наборов под ДНК. ПЦР в реальном времени с флуоресцентными зондами или LAMP с детекцией по SYBR Green. Мишень может быть любой: бактерия, вирус, гриб, генетическая конструкция, маркер трансгенного события. Заказчик формулирует задачу, мы предлагаем дизайн праймеров и зондов, синтезируем, тестируем на предоставленных образцах или модельных матрицах, оптимизируем протокол, выпускаем готовый набор. На выходе — продукт с воспроизводимыми характеристиками, который можно использовать в рутинной диагностике или исследовательской работе.
Разработка под РНК. То же самое, но с обратной транскрипцией. ОТ-ПЦР в реальном времени или RT-LAMP. Актуально для вирусных мишеней и для анализа экспрессии генов. Протокол затачивается под ту матрицу, с которой работает заказчик: культура клеток, растительная ткань, плазма крови, вода из аквариумной системы. Одношаговый или двухшаговый формат — что лучше подойдёт под задачу.
Разработка под микроРНК. Отдельная история, потому что мишень короткая и требует особого подхода к дизайну праймеров. Делаем системы на основе ОТ-ПЦР и RT-LAMP. Для научных групп, работающих с биомаркёрами на основе микроРНК, и для компаний, которые выводят диагностику на уровень циркулирующих нуклеиновых кислот.
SNP-генотипирование. Разработка наборов для анализа однонуклеотидных полиморфизмов методом ПЦР в реальном времени с аллель-специфичными зондами. Два канала, FAM и HEX, гомозиготы и гетерозиготы расходятся по кластерам на графике. Для селекционных центров, которые внедряют маркер-ориентированную селекцию, и для фармакогенетических исследований.
Синтез олигонуклеотидов. Отдельная услуга для тех, кому не нужен готовый набор, а нужны только праймеры и зонды. Синтезируем с флуоресцентными метками: 6FAM, HEX, R6G, ROX, TAMRA, Cy3, Cy5. С гасителями: BHQ1, BHQ2. С модификациями: LNA для повышения температуры плавления. Контроль качества каждой партии — жидкостная хроматография и масс-спектрометрия. Максимальная гарантированная длина — 120 нуклеотидов для праймеров и 60 для зондов. Реально можем и длиннее, но это обсуждается отдельно.
Методологический подбор праймеров. Услуга для лабораторий, которые сами ставят ПЦР и хотят получить расчётный дизайн от специалистов. Заказчик даёт последовательность мишени или номер доступа в GenBank, мы подбираем праймеры, проверяем их in silico на специфичность, кросс-реактивность и температуру отжига, отдаём последовательности и расчётные параметры. Дальше заказчик синтезирует их сам или заказывает у нас, но уже не тратит время на BioEdit, Primer3 и BLAST, пытаясь понять, почему амплификация идёт не там, где ожидалось.
Консультации по синтезу олигонуклеотидов. Практикум для тех, кто хочет разобраться в тонкостях: как добиться высокого выхода при синтезе длинных последовательностей, как очищать от продуктов незавершённой реакции, как работать с модифицированными нуклеотидами и флуоресцентными метками. Это не теоретический курс, а интенсив под конкретные задачи заказчика.
Как построен процесс
Вы оставляете запрос с описанием задачи. Мы связываемся, уточняем детали: матрица, мишень, желаемый формат детекции, объёмы, на которые вы рассчитываете, оборудование, которое у вас есть. Дальше предлагаем вариант решения, согласовываем стоимость и сроки. После оплаты запускаем работу: дизайн праймеров, синтез, тестирование, валидация на предоставленных образцах или модельных матрицах. На выходе вы получаете готовый набор с протоколом. Если что-то не работает так, как вы ожидали, — дорабатываем.
Кому это нужно
Биотехнологическим компаниям, которые выводят на рынок собственные тест-системы и хотят отдать разработку на аутсорс. Селекционным центрам, которым нужен SNP-набор под конкретный маркер, а не под абстрактный ген. Ветеринарным лабораториям, столкнувшимся с патогеном, которого нет в коммерческих панелях. Научным группам, которые исследуют экспрессию генов в нестандартных объектах и устали от того, что универсальные праймеры не ложатся на их матрицу. Производственным лабораториям, которые хотят рутинный ПЦР-тест под конкретную технологическую задачу — например, контроль чистоты штамма-продуцента или детекцию контаминации в биореакторе.
Общее у всех этих запросов одно: готового решения на рынке либо нет, либо оно не подходит по параметрам. А ждать, пока появится, некогда — работа стоит, проект горит, грант кончается. В таких случаях звонят нам. И мы делаем. Не «попробуем», не «возможно, получится». А ставим задачу, рассчитываем праймеры, синтезируем, тестируем и отдаём коробку, которая работает. Это то, что мы умеем. Собственно, всё, что мы продаём в остальных разделах сайта, когда-то начиналось именно с такой разработки под заказ. Просто потом эти наборы становились востребованными, и мы ставили их в каталог. Так что раздел «Услуги» — это, по сути, входная дверь в то, что через полгода-год может оказаться в разделе «Готовые решения». Если ваша задача окажется достаточно массовой. А если нет — вы всё равно получите свой набор, и он будет работать. В этом и смысл.